הקרן לקליטת חיילים משוחררים הוקמה בשנת 1994, ע"פ חוק קליטת חיילים משוחררים. במסגרת החוק מוענקים לחיילות ולחיילים משוחררים ולמסיימי שירות לאומי-אזרחי, מענק שחרור ופיקדון אישי. זאת בנוסף לשילובם בהשכלה, הכשרה מקצועית ותעסוקה בחיים האזרחיים, באמצעות הסברה, ייעוץ, הטבות ומענקים.
היחידה להכוונת חיילים משוחררים (כיום האגף) הוקמה בהתאם לחזונו של ראש ממשלת ישראל ושר הביטחון דאז, דוד בן גוריון, שראה חשיבות בחינוך ובהשכלה, ופעל לשילוב החיילים המשוחררים באופן מיטבי בחיים האזרחיים. מאז פועל האגף להגשמת הייעוד, מתוך ראיית הצרכים הלאומיים המשתנים של מדינת ישראל.
בעקבות מלחמת "חרבות ברזל" הוקם אגף חדש, על בסיס האגף והקרן לחיילים משוחררים, ושמו השתנה ל-"אגף לחיילים משוחררים ומילואים".
לאגף זה נוסף התפקיד לפעול לקידום, הוקרה, מתן זכויות ותגמול למשרתי ולמשרתות המילואים ולבני משפחותיהם מול משרדי ממשלה, גופים ציבוריים ועוד.